Особую группу находок на Каратепа составляют памятники эпиграфики. Это надписи на сосудах, нанесенные черной краской, и надписи-граффити, процарапанные на стенах пещер.
Надписи на керамике выполнены древнеиндийским письмом, основанном на использовании греческого алфавита бактрийским письмом, и относятся к периоду расцвета буддийских храмов Каратепа.
Фундаментальным изучением эпиграфических находок Каратепа занимались В.В.Вертоградова (1995) и В.А.Лившиц (1996).
Большинство бактрийских надписей на керамике, найденных на Каратепа, обозначают принадлежность сосудов определенным лицам (буддийским монахам). Другая часть надписей имела благопожелательный и дидактический характер. Кроме бактрийских надписей, в Каратепа были обнаружены надписи кхароштхи и брахми. Фрагмент сосуда с надписью алфавитом брахми был найден в 1987 г. Надпись на сосуде алфавитом брахми была реконструирована В. В. Вертоградовой: «Благо! Ом! Этот сосуд для воды монаха Дживананды [личный. Никому не брать!]».
Надо сказать, что нанесение надписи подобного типа имело сакральный смысл. Как поясняет В. В. Вертоградова, практика подписывания сосуда именем владельца в индийской традиции, в частности, на Каратепа, имела довольно устойчивую структуру и состояла из набора благопожелательных и охранительных формул. Текст такого рода являлся оригинальным подтверждением личности монаха и его достоинств.