Медресе Муй-и Мубарак располагается в южной части архитектурного ансамбля Хазрат Имам.
Здание квадратно в плане, вокруг двора с трех сторон располагаются худжры, с запада – михраб, по его сторонам – оконные проемы.
Почти половину двора занимало здание мавзолея, перекрытое куполом. Между мавзолеем и западной стеной медресе возвышался айван на шести колоннах.
Вход в медресе был устроен в западной стене с угла, оформлен небольшим порталом.
В первом десятилетии XXI века здание основательно реставрировали, реконструировали, и оно стало доступно взору со всех сторон
В наши дни в медресе размещена библиотека. Она сложилась на основе личной библиотеки рукописей Ишана Бабахана ибн Абдулмажидхана.
Ныне фонд библиотеки насчитывает более 20 тысяч печатных книг и более 2 тысяч рукописей. В центральном зале в специальном футляре хранится знаменитый Коран халифа Усмана.
